生物复杂网络中功能模块的挖掘

焦清局著的《生物复杂网络中功能模块的挖掘》主要研究了如何挖掘生物复杂网络中的功能模块，并探索了多样性的功能模块组织形式。首先，针对现有模块分析算法存在的缺陷，提出一种衡量网络中任意两个结点的新相似性ISIM，依据这种新的相似性和层次聚类思想对生物网络中的功能模块进行挖掘，并利用新结点相似性进一步揭示了生物网络中蛋白质复合物的层次性和功能模块的多尺度性。为了避免生物网络不完备性带来的影响，我们通过融合多条件下基因共表达谱数据构建完备的基因共表达网络，进而分析功能模块。接下来，我们突破模块结构是生物复杂网络中功能单元的专享组织形式这一概念，在生物网络上发现一种新的功能模块组织形式，Bi―sparse功能模块。并相应地提出一种能同时挖掘高聚合和稀疏功能模块的二叉树搜索方法。最后，通过大规模网络的统计分析，深入研究了Bi―sparse模块的一些特性。